Trên một ngọn núi ở Nhật Bản, một thiên thạch từ không gian đâm vào một khu rừng, gây ra một trận hỗn loạn khủng khiếp. Trong khi sự kiện này diễn ra, một nhóm các ninja mạnh mẽ đang tu luyện tại làng của họ phải đối mặt với một mối đe dọa tàn bạo từ bên ngoài: một nhóm người ngoài hành tinh giết người đang tiến tới làng của họ, hòng tàn sát tất cả mọi người. Đạo diễn bộ phim "Alien vs. Ninja" là 千葉誠治, một tài năng